Teaching Materials

Here are teaching handouts for undergraduate microbiology and molecular biology (taught in french), masters level genomics (taught in french), and masters level systems and synthetic biology (taught in english), which I currently teach in the Université de Paris Saclay System at the Université d'Evry.

Masters M2: Systems and Synthetic biology (in english)

Description of course UE8C1: Systems and synthetic biology approaches for environmental biotechnology: (in english and french).

Exams

Masters M1: Sciences des Genomes et des Organismes (en français)

License L2: Microbiologie et écologie microbienne (en français)

  1. Histoire et classification: les microbiologistes célebres du passé et la classification des organismes (avec réponses).
  2. Observation des cellules: la microscopie et la coloration des cellules. (avec réponses)
  3. La paroi bactérienne: la peptidoglycane, la capsule, et les spores. (avec réponses)
  4. La transformation génétique des bactéries: les methodes de transfert d'ADN entre les cellules, discussion de l'opéron lac (avec réponses).
  5. Les pathogènes: la virulence et les mécanismes d'infection (avec réponses).
  6. La croissance et nutrition: les milieux microbiens, les courbes de croissances. (avec réponses).
  7. Le métabolisme microbien: la diversité du metabolisme (avec réponses).
  8. Les méthodes de la microbiologie moléculaire: PCR, electrophorèse, clonage (avec réponses).
  9. révision des 8 séances de TD et (avec réponses).

Examens

License L2: Travaux pratiques de Microbiologie et écologie microbienne (en français)

6 seances des exercises au labo qui se concentre sur l'identification et characterisation des microbes avec les themes suivants:

  1. Identification des eucaryotes presents dans l'eau d'une station d'epuration
  2. Colorations des bacteries: bleu de methylene et gram
  3. Identification des bacteries presents dans un lac proche
  4. Controle de qualite de yaourt
  5. Isolation des microbes de l'environnement
  6. Comparaison des activites bactericide des anti-bacteriens
  7. L'effet des antibiotiques sur E.coli


Lectures from the MBL-TIGR Genome Technology Course

Programming fundamentals for the computational biologist

These lectures introduce the Perl programming language as a tool to investigate problems in biology. The goal is to demonstrate that basic programming skills turn the computer into a tool just like the PCR machine; they are both means to test biological hypotheses. So why does the course focus on the Perl programming language?

"Perl is the duct tape of the internet." -Randal Schwartz

"Perl is optimized for problems which are about 90% working with text and about 10% everything else." -Schwartz and Phoenix "Programming Perl"

Which is what makes Perl perfect for the computational biologist because the essence of bioinformatics is searching for patterns in two huge sets of text files: genome files and the internet.

Here are the handouts for the course: